在生殖感染性不育症诊断中，必然会碰到生殖系感染器官的定位问题，即是哪一个或哪一些器官发生了感染?主要是哪一个器官或哪一些器官发生损害而引起不育?这要通过询问病史，临床检查和一些特殊检查，并对所得资料进行综合分析后才可能确定。
1.对睾丸感染性不育症 除了有关睾丸体积大小、质地和睾丸压痛等局部症状外，要特别关注精液检查的精子数量(如无精子、精子数量明显减少)，精子存活率和畸形率，脱落的未成熟生精细胞等，精子数明显减少或无精子时应作FSH、LH、T、E2 等性激素测定，有条件时组好能测定抑制素 Inhibin，抗精子抗体也应考虑。
2.对附睾感染性不育症 除注意附睾的饱胀，硬结及压痛等局部症状外，要特别关注精液检查的精子数量，精子活动状况及巨噬细胞等情况;附睾功能性指标-糖苷酶和肉毒碱测定是必须的，抗精子抗体也应检测。
3.感染性慢性前列腺炎不育症 除前列腺直肠指检、前列腺液镜检和前列腺B超检查外;精液检查要注意前列腺液液化和黏稠度、精子活动情况，特别是精子活动在短时间内加速减弱情况，尿三杯试验和前列腺液细菌定位检查对确诊感染性前列腺炎有肯定意义。
在一次连续排尿过程中，三只杯先后分别收集初尿(VB1)、中段尿(VB2)和终段尿(VB3)各60ml，分别观察其中的白细胞，如VB1中肉眼可见碎屑，镜检有白细胞;VB2无白细胞;VB3浑浊，镜检有大量白细胞，这时一般均可确立感染性前列腺炎的诊断;
按要求先排出初段尿10ml(VB1)，中段尿10ml(VB2)，然后进行前列腺按摩取得前列腺液EPS，以及按摩后立即排尿10ml(VB3)。如当VB1、VB2每毫升标本细菌数少于3 000，每毫升 EPS 和VB3 标本细菌数大于5 000，即可诊断为感染性前列腺炎。
